Der Klinik stehen flexible Videoendoskope zur Darstellung des Verdauungskanals und der Atemwege sowie eine Reihe starrer Endoskope zur Nasen-, Ohr, Harnröhren- und Blasenendoskopie sowie Gelenkspiegelung zu Verfügung.
Die Endoskopie von Hohlorganen ermöglicht die direkte Einsicht in das jeweilige Organ und kann nur bei narkotisierten Patienten erfolgen. So sind viele vor allem chronische Magen- und Darmerkrankungen, die mit Erbrechen und oder Durchfall einhergehen können, erst mit diesem Untersuchungsverfahren zu diagnostizieren.
In den meisten Fällen werden zusätzlich zur bildlichen Beurteilung über den Arbeitskanal des Endoskopes mit speziellen Zangen kleine Schleimhautproben aus den untersuchten Organen entnommen. Diese werden von spezialisierten Pathologen untersucht und auf Basis dieser Ergebnisse eine spezifische Behandlung eingeleitet. Verschluckte Fremdkörper, die in der Speiseröhre stecken bleiben oder im Magen liegen können mittels Endoskopie in vielen Fällen entfernt werden, wodurch den Patienten aufwändige Operationen erspart werden können.
Auch in den Atemwegen (Nase, Rachen, Luftröhre, Bronchien) ist oft ohne Spiegelung und der damit verbundenen Probenentnahme, insbesondere bei chronischen Erkrankungen die zum Beispiel mit Nasenausfluss oder Husten einhergehen, keine Diagnosestellung möglich.
Bei manchen Erkrankungen des äußeren Gehörgangs, Trommelfells sowie Mittelohrs ist eine Untersuchung mit „normalen“ Ohrtrichtern nicht möglich. Dies trifft vor allem auf besonders lange Gehörgänge bei großen Rassen oder auch auf durch lang bestehende Entzündungen verengte Gehörgänge zu. Das Endoskop kann hier aufgrund seiner Länge und seines kleinen Durchmessers sehr hilfreich bei der Beurteilung und auch Spülbehandlung sein.
In den harnableitenden Wegen können in Zweifelsfällen mittels Endoskopie Entzündungen von Tumoren unterschieden werden oder auch anatomische Fehlbildungen die beispielsweise zu einer Harninkontinenz führen diagnostiziert werden.
Bei der Spiegelung der Gelenke der so genannten Arthroskopie ist in bestimmten Fällen eine wenig traumatische Diagnostik und auch Therapie möglich.